Baharat değirmeni suyla yıkanmaz: çelik çark paslanır, seramik çarkın yatağı nemden şişer ve ıslanan baharat tozu çarkın dişlerinde hamur gibi yapışır. Değirmen kuru temizlenir; içine bir avuç pirinç ya da kaba tuz konup en kaba ayarda öğütülür ve çıkan toz atılır. Bu işlem hem artığı hem eski kokuyu alır.
Baharat değirmeninin çalışan parçası, birbirine geçen iki konik çarktır. Taneler bu çarkların arasına düşer ve kırılarak aşağı iner; öğütme kabalığı, çarklar arasındaki açıklığın ayarlanmasıyla değişir. Bu mekanizmanın sağlıklı çalışması için iki şey gerekir: çark dişlerinin keskin kalması ve aradaki boşluğun tıkanmaması. Değirmene su girdiğinde ikisi birden bozulur. Bu yüzden değirmen temizliğinin ilk kuralı kısadır: değirmen suyla yıkanmaz ve bulaşık makinesine girmez.
Suyun verdiği zarar malzemeye göre değişir ama her ikisinde de kalıcıdır. Çelik çarklı değirmenlerde nem doğrudan pas demektir; paslanan diş hem körelir hem de öğütülen baharata pas tozu karıştırır. Seramik çarklı modellerde çarkın kendisi paslanmaz, ama çarkı taşıyan mil ve yuva çoğunlukla metaldir ve asıl sorun orada çıkar. Üstelik ıslanan baharat tozu dişlerin arasında hamur gibi yapışır; kuruduğunda taş sertliğinde bir tabaka bırakır ve çarkı kilitler. Çarkı kilitlenen bir değirmen zorlanarak çevrilirse bu kez dişler kırılır ve cihaz tamamen elden çıkar.
Kuru temizlik hem kolay hem etkilidir. Değirmenin haznesi boşaltılır, içine bir avuç kuru pirinç ya da kaba deniz tuzu konur ve değirmen en kaba ayara getirilip tamamen öğütülür. Sert taneler çarkların arasından geçerken orada kalmış yağlı baharat artığını sürükleyip çıkarır; aynı zamanda dişlerdeki kokuyu da alır. Çıkan toz kullanılmaz, atılır. Gerekirse işlem bir kez daha yapılır. Ardından değirmen ters çevrilip hafifçe vurulur ve dış yüzeyi kuru bir bezle silinir.
Tuz ve karabiber için ayrı değirmen bulundurmanın sebebi de bu mekanizmadadır. Tuz nemi çeker ve metale karşı aşındırıcıdır; çelik çarklı bir değirmende tuz öğütmek çarkı görece kısa sürede yer. Bu yüzden tuz değirmenlerinin çarkı seramikten yapılır. Karabiber, kimyon ve kişniş gibi yağlı baharatlar ise çarkta ince bir yağ filmi bırakır; o film tuzla birleştiğinde topaklanır. İki malzemeyi aynı değirmende dönüşümlü öğütmek, ikisinin de sonucunu bozar. Aynı sebeple değirmenin ayar somunu da tuzlu bir ortamda zamanla tutukluk yapmaya başlar.
Birkaç ek sınır vardır. Kahve değirmeninde baharat öğütülmesi tavsiye edilmez, çünkü baharatın uçucu yağı hazneye ve bıçağa yerleşir ve sonraki kahveye geçer; bu koku kuru temizlikle bile tam çıkmaz. Çok yağlı ya da nemli malzemeler, örneğin taze zencefil ya da yaş kırmızı biber, değirmene hiç girmez. Uzun süre kullanılmayacak bir değirmen boş ve kuru bırakılır; hazne dolu bekletilirse baharat nemlenip topaklanır ve ilk çevrişte çark kilitlenir.