Biberin içindeki beyaz damarlar, çekirdekleri taşıyan yapıdır ve biberin geri kalanından farklı davranır. Acı biberlerde yakıcılığın büyük bölümü çekirdekte değil bu damarlarda toplanır. Tatlı biberlerde ise yakıcılık yoktur ama damarlar liflidir, pişince yumuşamaz ve hafif acımsı bir tat bırakır. Bu yüzden her iki durumda da çıkarılır.
Biberin içini açtığınızda görünen beyaz, süngerimsi şeritler çekirdeklerin bağlı olduğu yapıdır. Bitki için bu bölge bir taşıma ve koruma dokusudur ve kimyasal olarak biberin etinden farklıdır. Acı biberlerde yakıcılığı üreten madde ağırlıklı olarak burada toplanır. Çekirdeklerin acı sanılmasının nedeni bu damarlara değmeleridir; acılığı kendileri üretmez, üzerlerine bulaşır. Bu yüzden acı biberin en yakıcı bölgesi çoğu zaman sapa en yakın kısımdır. Bu yüzden acı biberi tatmadan önce hangi bölgesinden tadıldığı da sonucu değiştirir.
Bu bilgi doğrudan bir kullanım kapısı açar. Acı biber kullanılacak ama yakıcılık ölçülü tutulacaksa, biber ikiye bölünüp beyaz damarlar bıçakla ya da kaşıkla sıyrılır; geriye biberin kokusu ve tadı kalır, yakıcılığın büyük bölümü gider. Tersine, daha yakıcı bir sonuç isteniyorsa damarlar bilerek bırakılır. Yani damar, acılığın açma kapama düğmesi gibi çalışır. Aynı biberden hem acılı hem acısız iki ayrı kullanım çıkarmak da bu yolla mümkündür.
Tatlı biberlerde durum farklıdır ama sonuç aynıdır. Orada yakıcılık yoktur; sorun dokudur. Beyaz damarlar etin geri kalanından daha liflidir ve uzun pişirmede bile yumuşamaz; dolmada, sotede ve közlemede dişe gelir. Ayrıca hafif acımsı bir tat taşır. Bu yüzden dolmalık biber hazırlanırken damarlar bıçakla kazınır ve içeride tek parça bırakılmaz. Közlenecek biberlerde ise damarlar közleme sonrası, kabuk soyulurken çıkarılır. Aynı sertlik kurutulmuş dolmalık biberde daha da belirgindir ve orada damar mutlaka alınır.
Temiz çıkarmanın pratik bir yolu vardır. Biberin sapının çevresi bıçakla koni biçiminde kesilir ve sap yukarı çekilir; çekirdek yatağı çoğu zaman damarlarla birlikte bütün hâlde gelir. Kalan parçalar biber ters çevrilip hafifçe vurularak dökülür. İçeride kalan şeritler küçük bir bıçakla ya da kaşığın kenarıyla sıyrılır; biber suyla çalkalanmaz, çünkü su tadı seyreltir. Dolma yapılacaksa sap kapak olarak kullanılmak üzere ayrılabilir, ama içi mutlaka temizlenir.
Çekirdeklerin kendisi de genellikle çıkarılır, ama nedeni acılık değildir. Çekirdekler pişerken sertleşir, sosun içinde kumlu bir doku bırakır ve fırında ya da tavada kolayca kararıp acımsı bir tat verir. Ayrılan çekirdek ve damarlar aynı kâseye alınır ve doğrudan çöpe gider. Acı biberle çalışıldıysa bıçak ve tahta hemen yıkanır. Çekirdekler kurutulup tohumluk olarak ayrılacaksa ayrı bir kâseye alınır ve gölgede kurutulur. Doğranmış biber bekletilecekse kapalı kapta buzdolabına alınır ve birkaç gün içinde kullanılır.