Çavdarda da protein vardır ama bu proteinler buğdaydaki gibi elastik bir gluten ağı kuramaz. Onun yerine çavdarda bol bulunan bir tür lif suyla birleşince jel gibi bir yapı oluşturur; hamurun yapışkanlığı buradan gelir. Bu yüzden çavdar hamuru yoğrulmaz, gerilmez ve elde tutulmaz; ıslak elle ve spatulayla çalışılır.
Buğday ununda gluten, iki ayrı proteinin suyla birleşip birbirine kenetlenmesiyle oluşur ve yoğurma bu ağı güçlendirir. Çavdarda bu proteinler bulunur ama aynı biçimde kenetlenmez; ortaya elastik olmayan bir yapı çıkar. Yoğurmak da bir işe yaramaz, çünkü geliştirilecek bir ağ yoktur. Bu yüzden çavdarla çalışırken buğdaydan alışılan adımların çoğu geçersizdir: cam testi yapılmaz, gerdirme şekillendirme uygulanmaz. Bu yüzden çavdar tarifleri buğday tariflerinden kopyalanmaz; süre, su oranı ve şekillendirme baştan farklı kurulur.
Çavdarın kendine özgü lifleri suyu çok miktarda tutar ve jelimsi, yapışkan bir kütle oluşturur. Hamur bu yüzden ele, tezgâha ve aletlere yapışır; un ekleyerek düzeltmeye çalışmak yanlıştır, çünkü eklenen her un yapışkanlığı artıran lifi de artırır. Doğru yol ıslak elle çalışmaktır: eller ve spatula sık sık suya batırılır. Kaba ve kalıba da yağ ya da un yerine su sürülür, hamur böylece kaymadan yerleşir. Bıçak ve kazıyıcı da ıslatılır; kuru bir kazıyıcı hamuru toplamak yerine kendi üstüne sarar ve iş uzar.
Çavdar hamuru ekşi mayayla çok daha iyi sonuç verir ve bunun teknik bir nedeni vardır: asitli ortam, çavdardaki nişastayı parçalayan enzimleri yavaşlatır. O enzimler denetlenmezse ekmeğin içi yapışkan ve hamurumsu kalır. Ticari mayayla çalışılacaksa hamura az miktarda asit eklemek, örneğin biraz yoğurt ya da sirke, benzer bir etki yapar. Mayalanma süresi de kısa tutulur, çünkü çavdar hamuru tepe noktasını çabuk geçer.
Çoğu tarif çavdarı tek başına kullanmaz. Unun bir bölümü çavdar, geri kalanı ekmeklik buğday unu olarak kurulur; bu karışımda buğday gluten ağını sağlar, çavdar ise tadı ve rengi verir. Çavdar oranı arttıkça hamur daha yapışkan, ekmek daha yoğun ve daha koyu olur. Yeni başlayan biri için üçte bir çavdar iyi bir başlangıçtır; oran kademe kademe artırılarak hamurun davranışı öğrenilir. Yüzde yüz çavdarla çalışmak da mümkündür ama o zaman hamur değil, kalın bir karışım elde edilir ve kaşıkla kalıba aktarılır.
Çavdar ekmeği kalıpta pişirilir, çünkü hamur kendi başına şeklini tutmaz. Kalıp yağlanır ya da içi kâğıtla kaplanır. Pişme süresi buğday ekmeğinden uzundur ve ısı biraz daha düşük tutulur. En önemli fark sonrasındadır: çavdar ekmeği fırından çıkar çıkmaz kesilmez, en az bir gün bekletilir. Bu sürede içerideki nem dağılır ve doku oturur; erken kesilen çavdar ekmeğinin içi ıslak ve yapışkan görünür. Dilimlenirken de keskin ve tırtıklı bir bıçak kullanılır, çünkü çavdarın sıkı içi düz bıçağın altında ezilir.