Mikrodalgada ısı yiyeceğin dış bölgelerinde oluşur ve merkeze doğru yavaş ilerler; cihaz durduktan sonra bu ilerleme devam eder. Bekleme süresi, sıcak bölgelerden soğuk bölgelere geçen ısının tabağı dengelemesi içindir. Bu yüzden ısıtma bittiğinde yemek hemen yenmez; kabında bir iki dakika, kalın porsiyonlarda daha uzun bekletilir ve karıştırılır.
Mikrodalga ışınları yiyeceğe birkaç santim derinliğe kadar işler ve asıl ısı orada oluşur; merkeze ulaşan ısı ise iletimle, yani katmandan katmana geçerek ilerler. Cihaz durduğunda bu ilerleme durmaz. Bu yüzden mikrodalgadan yeni çıkan bir tabakta kenarlar yakıcı sıcakken orta ılık olabilir; birkaç dakika sonra aynı tabakta sıcaklık belirgin biçimde eşitlenir. Bekleme, bir bekleyiş değil, pişirmenin devam eden parçasıdır. Fırın kapandığında yiyeceğin içindeki ısı yolculuğu henüz bitmemiştir.
Bekleme aynı zamanda bir güvenlik adımıdır. Artan yemek yeniden ısıtılırken her noktasının yeterince ısınması gerekir; mikrodalgada soğuk kalan bir bölge bakterilerin canlı kalmasına imkân verir. Isıtma sonunda yemek karıştırılıp bir iki dakika bekletildiğinde soğuk noktalar kapanır. Kalın porsiyonlarda ve bütün parçalarda süre uzar. En kalın noktanın 74 °C'ye ulaşıp ulaşmadığı termometreyle kontrol edilebilir. Karıştırmak bu eşitlenmeyi belirgin biçimde hızlandırır. Termometre yoksa yemeğin ortasından bir kaşık alınıp sıcaklığı elle sınanır.
Bekleme süresi tarifin bir parçası olarak da kullanılır. Mikrodalgada pişirilen sebze, bekleme sırasında kendi buharıyla pişmeye devam eder; bu yüzden tam istenen yumuşaklığa gelmeden cihaz kapatılır. Tereyağı ve çikolata yarı erimişken çıkarılır, kalan kısmı karıştırılarak eritilir. Yumurta içeren karışımlarda bekleme, pıhtılaşmanın aşırıya kaçmasını önler. Pilav ve makarna gibi nişastalı yemeklerde bekleme, nemin tanelere eşit dağılmasını sağlar. Bu yüzden tariflerdeki bekleme süresi bir öneri değil, adımın parçasıdır.
Bekleme sırasında kabın üstü örtülü kalır. Mikrodalgaya uygun bir kapak ya da kâğıt havlu, buharı içeride tutar ve ısının dengelenmesine yardım eder; kapak tamamen sızdırmaz olmaz, buhara çıkış bırakılır. Kap fırının içinde de bırakılabilir, dışarı alınıp tezgâhta da bekletilebilir. Fırından çıkarılırken kabın kendisi çok sıcak olabilir; ısınan şey yiyecek olsa da kap ondan ısı alır ve eldiven gerekebilir. Bekleme, kabın içinde ve kapağı örtülü hâlde geçer.
Bekleme atlanırsa iki sonuç görülür. Birincisi, yemeğin ortası soğuk kalır ve kişi bunu ancak ilk lokmada anlar; ikinci kez ısıtıldığında bu kez kenarlar kurur. İkincisi, sıcaklığı eşitlenmemiş yiyecekte ağız yanıkları olur; özellikle içi dolu hamur işleri, reçelli ya da peynirli lokmalar dışı ılıkken içi kaynar olabilir. Bebek maması ve biberon mikrodalgada ısıtılmaz; bu ürünlerde eşitsiz ısınma riski ayrıca yüksektir. Isınma eşitsizse yemek karıştırılıp kısa bir tur daha ısıtılır.